研究生理条件下蛋白质相互作用

验证两种蛋白质间的相互作用

RNA反义纯化技术（RNA Antisense Purification，RAP）运用于研究RNA与DNA、RNA及蛋白质之间相互作用的实验。根据研究对象不同，RAP技术结合了高通量测序（RAP-Seq）和质谱技术（RAP-MS）分别研究与目标RNA互作的基因和蛋白质。

染色质免疫沉淀 (ChIP) 是研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的理想技术，是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域，或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的最好方法。ChIP 与其他实验技术相结合，可用于不同用途的检测。ChIP-Seq 方法是对特异性地富集目的蛋白结合的 DNA 片段进行纯化与文库构建，然后对富集得到的 DNA 片段进行高通量测序。

DNA pulldown是一种用于研究DNA与蛋白质互作的技术。通常用来分析目标基因调控区域相结合的转录因子及其他调控蛋白。针对目标区域设计脱硫生物素标记的特异性DNA探针，并与细胞核提取物孵育。通过偶联磁珠，经洗脱，得到目的DNA探针-蛋白质复合物。最后采用Western Blot或质谱鉴定蛋白质类型。

RNA Immunoprecipitation（RIP）是研究细胞内RNA与蛋白质结合的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，可应用于研究miRNA调节靶点、RNA与RBPs（RNA结合蛋白）的互作关系等。