蛋白质与RNA的相互作用是许多细胞功能的核心，如蛋白质合成、mRNA组装、病毒复制、细胞发育调控等，了解它们之间相互作用的分子机制对理解这些生物学过程非常重要。RNA pulldown技术利用脱硫生物素末端标记的RNA和链霉亲和素标记的磁珠高效富集及鉴定RNA结合蛋白质（RBPs）。

DNA pulldown是一种用于研究DNA与蛋白质互作的技术。通常用来分析目标基因调控区域相结合的转录因子及其他调控蛋白。针对目标区域设计脱硫生物素标记的特异性DNA探针，并与细胞核提取物孵育。通过偶联磁珠，经洗脱，得到目的DNA探针-蛋白质复合物。最后采用Western Blot或质谱鉴定蛋白质类型。

染色质免疫沉淀 (ChIP) 是研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的理想技术，是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域，或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的最好方法。ChIP 与其他实验技术相结合，可用于不同用途的检测。ChIP-Seq 方法是对特异性地富集目的蛋白结合的 DNA 片段进行纯化与文库构建，然后对富集得到的 DNA 片段进行高通量测序。