RNA反义纯化技术（RNA Antisense Purification，RAP）运用于研究RNA与DNA、RNA及蛋白质之间相互作用的实验。根据研究对象不同，RAP技术结合了高通量测序（RAP-Seq）和质谱技术（RAP-MS）分别研究与目标RNA互作的基因和蛋白质。

RNA Immunoprecipitation（RIP）是研究细胞内RNA与蛋白质结合的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，可应用于研究miRNA调节靶点、RNA与RBPs（RNA结合蛋白）的互作关系等。

蛋白质与RNA的相互作用是许多细胞功能的核心，如蛋白质合成、mRNA组装、病毒复制、细胞发育调控等，了解它们之间相互作用的分子机制对理解这些生物学过程非常重要。RNA pulldown技术利用脱硫生物素末端标记的RNA和链霉亲和素标记的磁珠高效富集及鉴定RNA结合蛋白质（RBPs）。

染色质免疫沉淀 (ChIP) 是研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的理想技术，是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域，或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的最好方法。ChIP 与其他实验技术相结合，可用于不同用途的检测。ChIP-Seq 方法是对特异性地富集目的蛋白结合的 DNA 片段进行纯化与文库构建，然后对富集得到的 DNA 片段进行高通量测序。

DNA pulldown是一种用于研究DNA与蛋白质互作的技术。通常用来分析目标基因调控区域相结合的转录因子及其他调控蛋白。针对目标区域设计脱硫生物素标记的特异性DNA探针，并与细胞核提取物孵育。通过偶联磁珠，经洗脱，得到目的DNA探针-蛋白质复合物。最后采用Western Blot或质谱鉴定蛋白质类型。

该方法不仅简单迅速且灵敏度高；另一方面它可以用竞争性试验来评价蛋白和核酸结合的特性。目前用于检测DNA结合蛋白、RNA结合蛋白，并可通过加入特异性抗体来检测特定的蛋白质，结合蛋白双向电泳及质谱技术进行未知蛋白的鉴定分析。