该方法不仅简单迅速且灵敏度高；另一方面它可以用竞争性试验来评价蛋白和核酸结合的特性。目前用于检测DNA结合蛋白、RNA结合蛋白，并可通过加入特异性抗体来检测特定的蛋白质，结合蛋白双向电泳及质谱技术进行未知蛋白的鉴定分析。